آلودگی های زیستی یا میکروبی سوخت دیزل ژنراتورها مشکل عمده ی دارندگان این موتورها میباشد.سوخت های دیزل امروزی توانایی نگهداری آب بالایی در خود دارند و این آب میتواند از طریق محیط نیز به راحتی وارد موتور شما شود و ناخواسته باعث رشد باکتری ها و قارچ ها درون سوخت یا مخزن سوخت دیزل ژنراتور شما میشود.برای جلوگیری از رشد این میکروب ها شما میتوانید از سیستم های تصفیه ای برای جداسازی این آب ناخواسته استفاده کنید.مانند فیلتر جداکننده ی آب از سوخت دیزل ژنراتور،درصورت عدم استفاده از این فیلترها،هزینه های جانبی رفع آلودگی ها از سوخت و یا بعد از استفاده از سوخت آلوده میتواند بسیار گزاف باشد و یا وقت زیادی از شما هدر دهد.علاوه برتمام این آلودگی ها ذرات معلق حاصل از زنگ زدگی که در باک شما یا تانکر حمل یا ذخیره ی سوخت شما ممکن است وجود داشته باشد احتمالا به همراه آلودگی های بیولوژیکی باعث خوردگی نازل های انژکتور،پمپ گازوئیل ویا سایر اجزای انتقال سوخت بشود.

در دیزل ژنراتورها معمولا از دو نوع فیلتر برای پاکسازی کامل سوخت استفاده میکنند.فیلتر آبگیر درکنار فیلتر گازوئیل OEM ، فیلتر آبگیر آب و ذرات اضافی را قبل از رسیدن به فیلتر اصلی گازوئیل جمع آوری میکند.برای اینکار فیلتر آبگیر از وزن  بیشتر مولکول های آب برای جداسازی آن از گازوئیل که وزن کمتری دارد استفاده میکند.بدین صورت که با جریان یافتن سوخت در موتور دیزل شما،قبل از رسیدن سوخت به موتور، ازاولین صافی فیلتر آبگیر عبور میکند.در این مرحله هرچیزی که چگالی بیشتری از سوخت دارد به درون کاسه ی انتهایی فیلتر سقوط میکند.معمولا این ناخالصی های اولیه شامل ذرات و مقداری آب میشود.در مرحله ی بعدی سوخت به سمت یک فیلتر دیگر در سیستم جداکننده ی سوخت میرود. در این عنصر صافی یک سطح دافع وجود دارد که باعث دفع مولکول های آب و عبور سوخت خالص و تمیز میشود.

در برخی از فیلترهای جداکننده ی سوخت و آب،عنصری که برای این جداسازی استفاده میشود، یا یک محیط آبگریز است یا یک محیط آبدوست،استفاده از هردوی این عناصردر اینگونه فیلترها مرسوم است.